院徽（標）顏色由科技藍、純潔白和活力紅三色構成。藍色象征醫學教育的科學、嚴謹、智慧和理性，白色象征醫術的圣潔和高尚的醫德，紅色象征醫學教育事業發展的勃勃生機。
院徽（標）的中心部分由“齊齊哈爾醫學院”英文首字母“QMU”和環繞的DNA雙螺旋結構組成，1946表示學院始建年份?！癚MU”整體造型設計的“山”字形狀和象征生命與科學的DNA雙螺旋結構一起寓意為醫學高峰，既體現著現代醫學教育理念，又昭示著齊醫師生勤勉努力勇于向醫學高峰登攀。紅色圓點意指齊齊哈爾醫學院位于舉世聞名的丹頂鶴故鄉，并寓意學院像一顆璀璨的明珠鑲嵌在魅力鶴城。