黨政機關機構

紀委辦公室、黨委辦公室、組織部(掛離退休工作處牌子)、宣傳統戰部、學生工作部(掛學生處牌子)、研究生處、招生就業處、醫院管理處、團委、 學院辦公室、教務處、國際交流合作處（掛國際教育學院牌子）、人事處、教師發展中心 ( 合署）、審計處、武裝部(掛保衛處牌子)、科研處、財務處、國有資產管理處、工會、后勤管理處

教學機構

基礎醫學院、精神衛生學院、公共衛生學院、醫學技術學院、藥學院、護理學院、病理學院、

口腔醫學院、全科醫學與繼續教育學院、社會科學部（掛馬克思主義學院牌子）、體育教研部、外語教研部、臨床教學中心

教輔機構

高教研究與教學質量評估中心、醫藥科學研究院、實驗設備管理中心、

現代教育技術中心、學術理論研究部、圖書館

醫療機構

附屬第一醫院、附屬第二醫院、附屬第三醫院、附屬第四醫院、臨床病理診斷中心、齊齊哈爾醫學院附屬第五醫院（大慶龍南醫院）、齊齊哈爾醫學院附屬第六醫院（齊齊哈爾市第一醫院）、齊齊哈爾醫學院附屬第七醫院（黑龍江省醫院）、齊齊哈爾醫學院附屬第八醫院（大慶市第三醫院）、齊齊哈爾醫學院附屬第九醫院（哈爾濱市第一?？漆t院）、齊齊哈爾醫學院附屬第十醫院（大慶油田總醫院）、齊齊哈爾醫學院附屬第十一醫院（黑龍江農墾總局總醫院）、齊齊哈爾醫學院黑河中俄友好醫院（黑河市第一人民醫院）